أطفال التوحد أكثر عرضه لمشاكل الجهاز الهضمي، من بينها نمو الفطريات، والتهابات جدار المعدة، ونقص البكتريا النافعة، وهى جميعها تؤدي إلى مشاكل واضطرابات هضمية، تفاقم أعراض التوحد منها التأخر اللغوي، وتطور ونمو الإدراك.
النشاط المناعي عند أطفال طيف التوحد الناتج عن التهاب فيروسية أو بكترية، يتسبب بطريقة مباشرة في التهابات بالجهاز العصبي، ومنها حدوث الانتكاسة خلال العلاج والتأهيل.
من الضروري تجنب تناول الكازين وهو بروتين الحليب مثل الجبن والزبادي، وأيضًا بروتين الجلوتين وهو بروتينات القمح والشعير والشوفان، لأطفال طيف التوحد، وذلك لتأثيرهما السلبي على المناعة، وبالتالي يقلل من كفاءة الجهاز العصبي، وتفاقم الأعراض وحدوث الانتكاسات.
عند الإفراط في تناول المكملات الغذائية عند أطفال طيف التوحد، أو التوقف عن تناوله فجأة قد يؤدي إلى انتكاسات خلال العلاج وبعد التحسن، بالإضافة إلى خلل الميتوكوندريا وهى خلايا الطاقة، التي قد تسبب حدوث الانتكاسات فمن الضروري إدارتها بشكل سليم ومنتظم.
قد تؤدي ترسب المعادن الثقيلة، وبعض السموم البيئة، وتناول الأطعمة غير العضوية والأطعمة المصنعة، قد تؤدي إلى حدوث بعض الانتكاسات، حيث تأثيرها على الجهاز الهضمي، ومنها الجهاز العصبي والنواقل العصبي.